Уганда домаћин најстаријег универзитета на истоку и централној Африци, што је Макерере Универзитет. Овај универзитет је интелектуални центар за неколико деценија не само за студенте, већ и Уганде других ученика у региону. Уганда има преко 30 јавних универзитета.